Налоговый спор: восстановление НДС при переходе на УСН

Анализ судебного дела о начислении НДС, штрафов и пеней компании, не восстановившей НДС при переходе на УСН. Рассмотрены аргументы компании об отсутствии полномочий у сотрудника и незаконном использовании ЭЦП.

Суть дела

Переход на УСН и обязанность по НДС

Компания с 1 января 2024 года перешла на упрощённую систему налогообложения (УСН). Смена налогового режима порождает обязанность восстановить НДС, ранее принятый к вычету, — требование, прямо закреплённое в статье 170 Налогового кодекса.

Хронология налогового спора

Спор по делу А41-108246/2024 касался НДС за 2 квартал 2022 года. Налоговая инспекция в ходе последующей проверки установила, что компания не выполнила обязательства по восстановлению налога при смене режима налогообложения. Это обстоятельство стало основанием для камеральной проверки и последующих доначислений.

Начисления налоговой

Камеральная проверка и выявленные нарушения

Налоговая провела камеральную проверку декларации по НДС за 4 квартал 2023 года. По её итогам подтверждено, что компания не восстановила НДС при переходе на УСН, что квалифицировано как нарушение требований налогового законодательства.

Размер начисленных сумм

По результатам проверки начислены: НДС — 19 086 369 руб, штраф — 1 908 637 руб, пени — 1 941 474,49 руб. В сумме это почти 23 млн рублей. Масштаб доначислений отражает значительный объём налога, подлежавшего восстановлению, однако не перечисленного в бюджет в установленный срок. Именно это обстоятельство предопределило позицию компании при последующем оспаривании.

Позиция компании

Оспаривание начислений

Основной долг компания заплатила, но штраф, пени и решение о привлечении к ответственности решила оспаривать. Разграничение между признанием налогового обязательства и несогласием с санкциями стало отправной точкой для судебного разбирательства.

Действия специалиста по бухучёту

Позиция общества основывалась на том, что уведомление о переходе на УСН направил специалист, занимавшийся бухгалтерским учётом. По версии компании, руководитель не поручал ему это делать и не согласовывал смену налогового режима. Тем самым организация оспаривала не только размер санкций, но и правомерность самого факта применения УСН, ссылаясь на то, что воля руководства на изменение режима налогообложения надлежащим образом выражена не была.

Аргументы компании: ЭЦП и пределы полномочий

Передача электронной подписи

Отдельный аргумент касался ЭЦП: электронная подпись директора была передана бухгалтеру. Компания настаивала на том, что сотрудник использовал её для действий, прямо не санкционированных руководителем, — в том числе для подачи уведомления о смене налогового режима.

Отсутствие поручения и согласования

Передача ЭЦП сама по себе не наделяет работника полномочиями на принятие стратегических решений в сфере налогообложения. Компания указывала на отсутствие письменного поручения или доверенности, уполномочивавших специалиста на подачу соответствующего уведомления. Этот довод призван поставить под сомнение юридическую силу действий, совершённых с использованием подписи директора без его ведома, что усиливает общую линию защиты в споре с налоговым органом.

Перспективы и выводы по делу

Ключевые аспекты спора

Вопрос о полномочиях сотрудника и правомерности использования ЭЦП остаётся центральным в данном деле. Судебная практика по аналогичным спорам не отличается единообразием: суды по-разному оценивают последствия передачи электронной подписи и степень ответственности организации за действия, совершённые с её применением.

Рекомендации для бизнеса

Рассмотренный случай наглядно демонстрирует, какие риски возникают при отсутствии чётких внутренних процедур обращения с электронными подписями. Организациям следует документировать каждое решение об изменении налогового статуса, а полномочия сотрудников на взаимодействие с налоговыми органами — закреплять в доверенности или локальном акте. Регламентирование порядка смены налогового режима и контроль за использованием ЭЦП позволяют минимизировать вероятность споров, аналогичных делу А41-108246/2024.